Sau khi cách mạng tháng 8 năm 1945, Thanh Hóa trở thành vùng tự do. Xây dựng kinh tế và là hậu phương tiếp tế cho cuộc chiến chống Pháp. Tỉnh Thanh Hóa phát động phong trào rèn luyện thể thao, có sức khỏe để sản xuất, làm kinh tế. Bóng đá là môn thể thao được yêu thích từ rất sớm ở Thanh Hóa, có nhiều đội bóng của Thanh Hóa được thành lập, tập luyện và thi đấu. Đội bóng Công an Thanh Hóa được thành lập năm 1947.[1]

Năm 1948 lần đầu tiên tham dự giải bóng đá hội chợ nông nghiệp Thanh Hóa.

Năm 1957 tham dự giải bóng đá vô địch Thanh Hóa.

Năm 1960 tham dự giải bóng đá hạng A miền bắc.

Năm 1961 tham dự giải bóng đá Công an miền bắc.

Năm 1965 sáp nhập thêm đội bóng Cơ khí Thanh Hóa.

Năm 1976 Tổng cục thể dục thể thao tổ chức thi đấu giải phân hạng toàn quốc. Đội bóng đá Công an Thanh Hóa thi đấu không thành công, thành tích thấp nên được xếp loại B.

Từ năm 1979 đến 1982 tham gia giải bóng đá hạng B toàn quốc.

Năm 1983 giành vé thăng hạng A2 toàn quốc.

Năm 1985 giành vé thăng hạng A1 toàn quốc.

Năm 1988, Giải bóng đá A1 toàn quốc đã không được tổ chức theo yêu cầu của các đội bóng để củng cố lực lượng và chỉ tổ chức các giải khu vực và giao hữu. Giải A1 năm 1989, đội là một trong 32 đội bóng đá hàng đầu của cả nước tham gia để chọn ra 18 đội mạnh và 11 đội ở lại hạng A1 và 3 đội cuối bảng sẽ xuống hạng A2. Chính vì vậy, giải này còn được gọi là "giải tách hạng"[2]. Đội lọt được vào nhóm 18 đội mạnh, giành quyền thì đấu ở Giải các đội mạnh toàn quốc được tổ chức vào năm sau.

Năm 1989 theo phân hạng mới, đội bóng Công an Thanh Hóa thuộc nhóm đội mạnh toàn quốc.

Năm 1991 thi đấu không thành công ở giải bóng đá các đội mạnh toàn quốc và nhận vé xuống hạng.

Kết thúc giải bóng đá hạng A1 toàn quốc năm 1992, đội giành vé thăng hạng các đội mạnh với vị trí thứ 2 sau đội bóng Sông Bé.

Năm 1994, kết thúc giải vô địch các đội mạnh toàn quốc, đội nhận vé xuống hạng và quyết định giải thể, một số cá nhân cầu thủ và huấn luyện viên được Sở thể dục thể thao Thanh Hóa tiếp nhận về biên chế cán bộ công nhân viên.